El Museo de la Ciudad de Murcia, como el espacio vivo y en constante evolución que es debido a su actividad cultural, ha incorporado nuevas obras tras la exposición de su 25º aniversario y ha renovado parte de la colección permanente. Estos se debe a que el desmontaje de la muestra 25+25. Museo intervenido -expuesta entre enero y febrero de 2025 por las diferentes salas- ha permitido cambiar algunos de los espacios e incorporar nueve de las obras que formaban dicha muestra y que han sido donadas por sus autores. Además, la llegada de otras dos nuevas obras (también donadas) ha dado como resultado una imagen renovada de las salas del museo.
Las nueve obras de la muestra 25+25. Museo intervenido que se quedan en el museo son son Alathar. Vértigos de José Carlos Níguez, la cual se encuentra expuesta en la Sala de Arqueología, así como la obra La Puente, de José Miguel Cerezo, que se encuentra en la segunda planta del museo. Otras de las nueve obras donadas son El picantón de Pepe Incha, Huertanos de Garay de Fátima Ruiz, De auroros y cementerios de José Luis Montero, y La cómica de Pepe Hache, todas ellas situadas en la segunda planta del museo, así como la obra Cátedra, de Rocío Kunst, ubicada en la primera planta. A su vez, se encuentra la obra Fuensanta de Tatiana Abellán en la primera planta, y 20 vistas de Monteagudo de David Salcedo en la planta baja.
Además, las otras dos obras donadas que se han alojado en las salas del museo tras la retirada de la muestra del 25º aniversario, son la pintura de la artista murciana, Carmen Artigas, con el titulo Cruz de mayo, ubicada en la segunda planta, y por otro lado la recreación de la imagen de la Virgen de la Arrixaca tallada por Mariano Hernández García, en la primera planta.
El museo cuenta con un panel en el que actualmente luce una selección de obras de José Hernández Ortuño, de Sanjo y de Néstor Lisón. Asimismo, estas obras forman parte de un proyecto más amplio que bajo el título Miradas y emociones se mostró en la exposición temporal del año 2008. A través de los dibujos de Sanjo y de las fotografías de Lisón vemos un paisaje peculiar como es el de los limites entre la ciudad de Murcia y la huerta que la rodea.